A középkori magyar államiság bukásának jelképévé vált mohácsi csata és a Rákóczi szabadságharc bukása (1711) közötti, két évszázad során, mikor a Kárpát-medence szinte teljes egésze csaknem állandó hadszíntérré vált, a 80%-os magyar túlsúllyal jellemezhető, középkor végi etnikai térszerkezet végérvényesen felbomlott. Főként a törökellenes és belső háborúk során a magyarok száma 3,2 millióról 1,5-re csökkent, a nem magyaroké viszont 1 millióról 1,7-re nőtt.
          A magyar lakosság a déli területekről, a Bánságból, Bácskából, Szerémségből és Szlavóniából szinte teljes egészében eltűnt, de többségük elpusztult, illetve elmenekült az Erdélyi-medencéből, az Alföld középső, a Dunántúl déli részeiről és a hódoltsági terület határán, az ún. végvárövezetből is. A török hódoltság másfél évszázada alatt a magyar államiság folytonosságát fenntartó Erdélyi Fejedelemségben elsősorban az 1599–1604 és 1657–1661 közötti Habsburg–román (G. Basta, M. Viteazul), illetve török–tatár hadjáratok pusztították legnagyobb mértékben az itteni magyarságot és zilálták szét a székelyföldi és partiumi magyar etnikai tömböket összekötő magyar településterületet.     
          Ennek köszönhetően a 17. század második felétől Erdélyben a magyarság már kisebbségbe került a védettebb hegyvidéki területeken élő, folytonos havasalföldi és moldvai utánpótlás miatt is egyre jobban szaporodó románokkal szemben. Az ország déli és középső részeinek földönfutóvá vált magyar lakossága ugyanakkor jelentős mértékben erősítette a Felvidék magyarságát, melynek eredményeként a német polgárság rovására a magyarok többségbe kerültek például Kassán és Rozsnyón, a jelenleg szinte teljesen szlováklakta Sáros vármegyében pedig a honfoglalás óta nagy tömegben élő itteni magyarok ez időszakban a lakosságnak még mindig a felét képezték. A magyarok aránytalanul nagy vesztesége annak volt köszönhető, hogy településterületeik túlnyomó része – háborúk idején szinte védhetetlen – sík- és dombvidéki, folyóvölgyi tájakra terjedt ki. Esetenként azonban a kedvező, védettséget nyújtó természeti környezet (pl. a Csallóközben, Sárközben, Kelet-Drávaszögben, a szlavóniai Vuka mocsárvidékén, Nagy-, Kis-Sárréten, Bodrogközben, nyíri lápvidéken) vagy bizonyos politikai tényezők (pl. a szultáni, hász birtoknak számító alföldi mezővárosok: Kecskemét, Nagykőrös stb.) a középkori, autochton magyarság túlélését is biztosították a hadjáratok sújtotta régiókban is.